Conheceram-se como inimigos e se apaixonaram. Os dois descobriram uma nova vida um no outro, vida que eles acreditavam ser impossível para pessoas nas posições deles. Planejaram abandonar suas antigas vidas e começar uma outra, juntos. Sonho que foi interrompido por Naraku: vilão especialista em usar das fraquezas das pessoas como artimanhas para suas maldades, soube explorar muito bem a linha tênue existente entre o amor e o ódio. Fez com que os dois se odiassem. Kikyou, por ser humana, sentiu esse sentimento com mais intensidade que Inuyasha, logo sua resposta à suposta traição de seu amado foi mais intensa: o lacrou pela eternidade e escolheu morrer em seguida. O típico crime passional.

Rumiko Takahashi explora no trágico relacionamento de Kikyou e Inuyasha os papéis masculinos e femininos numa sociedade com poucas mudanças sociais; uma educação que impunha papéis bem específicos. Exemplificando, o amor de Kikyou e Inuyasha é, apesar de belo, impossível, uma representação de tudo o que é difícil num relacionamento entre um homem e uma mulher. São opostos fisicamente (meio-youkai e sacerdotisa: inimigos históricos) e psicologicamente (Inuyasha é ainda muito infantil enquanto Kikyou é uma mulher madura, segura de si e de seu papel na sociedade).

Passado

De início, Kikyou protegia a Jóia de Quatro almas de todos os demônios que queriam pegá-la para aumentar seu poder. Tais youkais eram obra da sacerdotisa Tsubaki, a qual amaldiçou Kikyou. Logo ela conhece InuYasha, um ser metade humano e metade youkai (hanyou) que queria pegar a Jóia para se transformar em um youkai completo. Com o tempo Kikyou se apaixonou por InuYasha.

Um dia InuYasha e Kikyou decidiram reunir-se para dar algo aos dois. Kikyou criou um colar Kotodama, que podia fazer com que InuYasha caia no chão com muita força caso Kikyou diga uma palavra especial. InuYasha lhe trouxe uma espécie de batom (em uma ostra) que era de sua mãe humana. Kikyou se sentiu culpada e não deu o colar. Em uma ocasião, Tsubaki tentou matar Kikyou lançando uma serpente demônio, porém Kikyou devolveu o ataque, jogando-o no olho de Tsubaki, a qual ganhou uma cicatriz ao redor de seu olho de pele de serpente. Desde então o ódio de Tsubaki só aumentou.

Kikyou se encontrava também cuidando de um bandido chamado Onigumo, o qual foi queimado e encontrava-se imobilizado. Kikyou cuidava dele e o alimentava. Com o tempo Onigumo desenvolveu um sentimento especial pela sacerdotisa. Eis que o mesmo deixa-se devorar por uma horda de youkais e se transforma em Naraku.

Primeira morte

Naraku desejava ver a Jóia de Quatro almas corrompida e para isso criou uma cilada contra Kikyou e InuYasha. Disfarçando-se de InuYasha Naraku a ataca de surpresa e a fere mortalmente. Em seguida Naraku devolve a jóia ao vilarejo, se disfarça de Kikyou e ataca InuYasha. Ele por sua vez sem entender nada resolve atacar o vilarejo e pegar a jóia, nisso Kikyou, que continuava gravemente ferida, chega e se depara com a cena de InuYasha fugindo com a Jóia de Quatro almas, acreditando que InuYasha sempre a enganara, com suas últimas forças ela o lacra com uma flecha sagrada na árvore, onde ele permanece lacrado por 50 anos, ela pede a sua irmã Kaede que queime seu corpo junto com a jóia, e morre logo em seguida.

Ressureição

Cinquenta anos se passaram. Uma jovem chamada Kagome Higurashi vêm do futuro com a Jóia de Quatro almas, e liberta InuYasha. Após juntarem-se com Miroku e Shippou, a bruxa Urasue ressuscita com barro e ossos Kikyou; Inuyasha ajuda, inconscientemente nesse processo, ao chamar o nome "Kikyou" (a alma de Kagome vai para o corpo da sacerdotisa). Ao ressuscitar, Kikyou pergunta furiosa a InuYasha o motivo de tê-la atacado. InuYasha responde que não fez nada com Kikyou, a qual acha que seu antigo amado está mentindo. Mas Kagome consegue, de alguma maneira, tomar a maior parte de sua alma de volta, deixando Kikyou com uma pequena parte. A bruxa Urasue afirma, antes de morrer, que a parte que ficou com Kikyou é apenas ódio do momento de sua morte.

Apesar do ódio de que a própria KIkyou diz sentir por Inuyasha, ela ainda o ama, e não nega isso. Tanto que ela deseja que ele morra também para que eles possam ficar juntos na eternidade, já que no mundo dos vivos isso não é mais possível.

Por seu corpo não ser de carne e osso e não possuir uma alma inteira, ela precisou encontrar maneiras de manter-se nessa segunda vida. A maneira encontrada por ela foi usar youkais carregadores de almas para pegar almas de moças mortas e dar para ela. Dessa maneira, seu corpo continua se movendo normalmente.

Essa Kikyou é bem diferente da antiga. Raramente sorri e permite-se sentir emoções negativas, como ódio, inveja e rancor. Mas com o passar do tempo, ela volta a ser mais parecida com a antiga sacerdotisa por quem Inuyasha se apaixonou. Ela é vista várias vezes ajudando pessoas e deixa de odiar Inuyasha.

Segunda morte

Naraku ressuscitou o Exército dos Sete para distrair InuYasha e seus amigos, enquanto ele realizava sua transformação no monte Hakurei. Após a derrota do Exército dos Sete e a destruição do monte Hakurei, Naraku surge, ainda mais poderoso. Desta vez ele retirou de si a essência de Onigumo, que impedia que Naraku matasse Kikyou. Após ser acertada por um golpe de Naraku, ela é derruba no miasma e supostamente morre. Entretanto, Kikyou não morre "de novo", pois seu corpo feito de terra é resistente e não foi derretido. Mas o miasma que havia entrado dentro do ferimento a derretia de dentro para fora. E Kagome salvou-a por sentir-se obrigada a fazê-lo. Kikyou não a agradeceu por causa disso, dizendo-lhe que ela não a salvou de coração, apesar de ter tido boa vontade. A importância da colocação de Kikyou é dada bem mais adiante na história.

Terceira Morte

O miasma injetado por Narak em Kikyou no monte Hakurei nunca saiu de seu corpo por completo, mesmo com a purificação de Kagome. De forma lenta, o miasma voltou a se espalhar pelo seu corpo. Sua situação piorou quando ela ajudou Mirok a se livrar do miasma que o estava matando. Então, em mais uma das armadilhas de Naraku, Kikyou, Inuyasha e Kagome se vêem presos em teias de aranha. Essas teias mostram a eles acontecimentos de 50 anos atrás, com o objetivo de macular seus espíritos. Kikyou, bastante enfraquecida, diz para Kagome que o único jeito de salvá-la seria dar-lhe uma flechada no peito, mas para isso Kagome teria que arrumar um novo arco (já que o da Kikyou havia se quebrado). Kagome, depois de enfrentar muitas dificuldades impostas por ela mesma (daí a importância do que Kikyou disse-lha na primeira vez que Kagome a salvou), consegue o novo arco. Kikyou e Naraku travam uma luta espiritual pelo poder da Jóia de quatro almas. Muito debilitada, ela não consegue purificar a jóia por completo, mas deixa um ponto de luz dentro dela. Kagome atira a flecha em Kikyou, mas já é tarde demais, e não surte efeito. Nos braços de Inuyasha, Kikyou diz que finalmente se sente uma mulher comum. Ao ouvir essas palavras, ele a beija - é o momento que esperam há muito tempo (Kikyou ser livre). Kikyou morre, em paz, nos braços de Inuyasha.